La iglesia de San Juan Bautista está ligada a la Orden de San Juan desde el siglo XIII. La fábrica actual es una obra de estilo barroco, construida bajo la influencia de la basílica del Pilar de Zaragoza y se concluyó en el año 1782.  Tal como describe la inscripción que rodea el friso del presbiterio, sabemos que fue construida a expensas del Gran Castellán de Amposta, Fray Vicente Lafiguera.

Tiene planta de cruz latina, una sola nave, cabecera recta y crucero. Entre los contrafuertes se disponen capillas. Los muros internos se encuentran recorridos por un orden de pilastras compuestas, con capiteles dorados que soportan un gran entablamento volado.

La nave a los pies dispone de un atrio con coro alto. La nave se cubre con bóveda de lunetos y el crucero con una cúpula sobre pechinas, donde se concentran las pinturas realizadas por Goya y cuyo programa iconográfico está dedicado a los Padres de la Iglesia: San Ambrosio, San Agustín, San Gregorio y San Jerónimo.

Esta iglesia también conserva un importante retablo barroco. En el centro se encuentra una hornacina que alberga una tabla policromada del siglo XVIII con la imagen de San Juan Bautista. La fábrica exterior destaca por su gran volumen, presenta paramentos de mampostería, reservando ladrillo para los contrafuertes, esquinas y encintados.